Dalam melaksanakan tugas fungsi, Lembaga Penelitian dan Pengembangan Kepada Masyarakat (LPPM) dipimpin oleh Ketua Lembaga dibantu oleh Sekretaris Lembaga. Pelaksana lembaga memiliki 4 pusat yang masing-masing dipimpin oleh Kepala Pusat yakni:
Pusat Pemberdayaan Komunitas Perkotaan
Pusat Studi Lingkungan dan Energi Terbarukan
Pusat Studi Hak Asasi Manusia
Penerbitan dan Publikasi Ilmiah
Berikut ini adalah daftar nama dari struktur LPPM Ubaya:
Ketua LPPM: Prof. Suyanto, S.E., M.Ec.Dev., Ph.D.
Sekretaris LPPM: Dr. Hazrul Iswadi, S.Si., M.Si.
Manajer Administrasi Penelitian: Tang Hamidy, A.Md.
Staf Administrasi Penelitian: Hadi Krisbiyanto, Annisa Mustika Rachmawati, S.I.A.N.
Manajer Administrasi Pengabdian: Utomo, S.S.
Staf Administrasi Pengabdian: Kartika Erawati, S.E., Agustinus Hariyono, S.Pd.