Dalam melaksanakan tugas fungsi, Lembaga Penelitian dan Pengembangan Kepada Masyarakat (LPPM) dipimpin oleh Ketua Lembaga dibantu oleh Sekretaris Lembaga. Pelaksana lembaga memiliki 4 pusat yang masing-masing dipimpin oleh Kepala Pusat yakni:
Pusat Pemberdayaan Komunitas Perkotaan
Pusat Studi Lingkungan dan Energi Terbarukan
Pusat Studi Hak Asasi Manusia
Penerbitan dan Publikasi Ilmiah
Struktur LPPM Ubaya berdasarkan SK Rektor nomor 057/Tahun 2020
Berikut ini adalah daftar nama dari struktur LPPM Ubaya: